1、負責保障水資源的合理開發利用，擬定水利戰略規劃和政策，起草有關法律法規草案，制定部門規章，組織編制國家確定的重要江河湖泊的流域綜合規劃、防洪規劃等重大水利規劃。按規定制定水利工程建設有關製度並組織實施，負責提出水利固定資產投資規模和方向、國家財政性資金安排的意見，按國務院規定權限，審批、核准國家規劃內和年度計劃規模內固定資產投資項目；提出中央水利建設投資安排建議並組織實施。

2、負責生活、生產經營和生態環境用水的統籌兼顧和保障。實施水資源的統一監督管理，擬訂全國和跨省、自治區、直轄市水中長期供求規劃、水量分配方案並監督實施，組織開展水資源調查評價工作，按規定開展水能資源調查工作，負責重要流域、區域以及重大調水工程的水資源調度，組織實施取水許可、水資源有償使用制度和水資源論證、防洪論證制度。指導水利行業供水和鄉鎮供水工作。

3、負責水資源保護工作。組織編制水資源保護規劃，組織擬訂重要江河湖泊的水功能區劃並監督實施，核定水域納污能力，提出限制排污總量建議，指導飲用水水源保護工作，指導地下水開發利用和城市規劃區地下水資源管理保護工作。

4、負責防治水旱災害，承擔國家防汛抗旱總指揮部的具體工作。組織、協調、監督、指揮全國防汛抗旱工作，對重要江河湖泊和重要水工程實施防汛抗旱調度和應急水量調度，編制國家防汛抗旱應急預案並組織實施。指導水利突發公共事件的應急管理工作。

5、負責節約用水工作。擬訂節約用水政策，編制節約用水規劃，制定有關標準，指導和推動節水型社會建設工作。

6、指導水文工作。負責水文水資源監測、國家水文站網建設和管理，對江河湖庫和地下水的水量、水質實施監測，發布水文水資源信息、情報預報和國家水資源公報。

7、指導水利設施、水域及其岸線的管理與保護，指導大江、大河、大湖及河口、海岸灘塗的治理和開發，指導水利工程建設與運行管理，組織實施具有控制性的或跨省、自治區、直轄市及跨流域的重要水利工程建設與運行管理，承擔水利工程移民管理工作。

8、負責防治水土流失。擬訂水土保持規劃並監督實施，組織實施水土流失的綜合防治、監測預報並定期公告，負責有關重大建設項目水土保持方案的審批、監督實施及水土保持設施的驗收工作，指導國家重點水土保持建設項目的實施。

9、指導農村水利工作。組織協調農田水利基本建設，指導農村飲水安全、節水灌溉等工程建設與管理工作，協調牧區水利工作，指導農村水利社會化服務體系建設。按規定指導農村水能資源開發工作，指導水電農村電氣化和小水電代燃料工作。

10、負責重大涉水違法事件的查處，協調、仲裁跨省、自治區、直轄市水事糾紛，指導水政監察和水行政執法。依法負責水利行業安全生產工作，組織、指導水庫、水電站大壩的安全監管，指導水利建設市場的監督管理，組織實施水利工程建設的監督。

11、開展水利科技和外事工作。組織開展水利行業質量監督工作，擬訂水利行業的技術標準、規程規範並監督實施，承擔水利統計工作，辦理國際河流有關涉外事務。

12、承辦國務院交辦的其他事項。